20世纪90年代，科技部和国家计划委员会(现为国家发展和改革委员会)分别组织实施了国家工程技术研究中心(科技部主管)和国家工程研究中心(发改委主管)建设项目计划。国家工程中心根据我国经济建设和社会发展的需要，以市场需求为导向，面向企业规模生产的需要，对具有发展前景的科研成果进行系统、工程化研发，为企业提供成熟配套的技术工艺和装备，并推动集成、配套的工程化成果向相关行业辐射、转移与扩散。国家工程中心的建设推动了科技成果向现实生产力的转化，促进了我国高科技产业的发展，是我国国家创新体系的重要组成部分。依托高校建设的国家工程中心目前有58个，与其他单位合作建设的工程中心统计时每校各算一个，并加注*号。

排序	高校名称	中心数量	国家工程中心名称
1	清华大学	5	国家计算机集成制造系统工程技术研究中心、光盘国家工程研究中心、工业锅炉及民用煤清洁燃烧国家工程研究中心、国家企业信息化应用支撑软件工程技术研究中心*、国家CAD支撑软件工程技术研究中心*
2	华中科技大学	4	国家数控系统工程技术研究中心、激光加工国家工程研究中心、国家企业信息化应用支撑软件工程技术研究中心*、国家CAD支撑软件工程技术研究中心*
2	浙江大学	4	国家电液控制工程技术研究中心、国家光学仪器工程技术研究中心、电力电子应用技术国家工程研究中心、工业自动化国家工程研究中心
4	华中农业大学	3	微生物农药国家工程研究中心、国家油菜工程技术研究中心*、国家家畜工程技术研究中心*
4	武汉大学	3	国家多媒体软件工程技术研究中心、地理信息系统国家工程研究中心、国家卫星定位系统工程技术研究中心*
6	北京大学	2	软件工程国家工程研究中心、电子出版新技术国家工程研究中心
6	东北大学	2	计算机软件国家工程研究中心、数字化医疗设备国家工程研究中心
6	东南大学	2	国家专用集成电路系统工程技术研究中心、火电机组振动国家工程研究中心
6	华东理工大学	2	国家生化工程技术研究中心（上海）、超细粉末国家工程研究中心
6	华南理工大学	2	聚合物新型成型装备国家工程研究中心、造纸与污染控制国家工程研究中心
6	上海交通大学	2	模具CAD国家工程研究中心、轻合金国家工程研究中心
6	四川大学	2	国家生物医学材料工程技术研究中心、国家烟气脱硫工程技术研究中心*
6	西安交通大学	2	流体机械及压缩机国家工程研究中心、国家数据广播工程技术研究中心*
6	西北农林科技大学	2	国家节水灌溉（杨凌）工程技术研究中心、国家杨凌农业生物技术育种工程技术研究中心
15	北京化工大学	1	国家碳纤维工程技术研究中心*
15	北京科技大学	1	高效轧制国家工程研究中心
15	东北农业大学	1	国家大豆工程技术研究中心*
15	东华大学	1	国家染整工程技术研究中心
15	福州大学	1	化肥催化剂国家工程研究中心
15	广州中医药大学	1	国家中药现代化工程技术研究中心*
15	河南农业大学	1	国家小麦工程技术研究中心
15	湖南大学	1	国家高效磨削工程技术研究中心
15	解放军信息工程大学	1	国家数字交换系统工程技术研究中心
15	昆明理工大学	1	固体废弃物资源化国家工程研究中心
15	南京化工大学	1	国家生化工程技术研究中心（南京）
15	南京理工大学	1	国家特种超细粉体工程技术研究中心
15	南开大学	1	农药国家工程研究中心*
15	沈阳工业大学	1	国家稀土永磁电机工程技术研究中心
15	石河子大学	1	国家节水灌溉工程技术研究中心（新疆）*
15	天津大学	1	精馏技术国家工程研究中心
15	同济大学	1	城市污染控制国家工程研究中心
15	西北大学	1	国家微检测工程技术研究中心*
15	郑州大学	1	橡塑模具国家工程研究中心
15	中国海洋大学	1	国家海洋药物工程技术研究中心*
15	中国农业大学	1	国家饲料工程技术研究中心*
15	中南大学	1	粉末冶金国家工程研究中心
15	中山大学	1	南海海洋生物资源国家工程研究中心