中国最好大学排名的科研指标来自全球最大的文献摘要数据库Scopus，爱思唯尔集团科研解决方案内容与分析全球总监 M‘hamed Aisati先生指出，“中国在科研产出和科研影响力方面持续增长，爱思唯尔旗下的Scopus数据库和Scival分析工具可以全方位评价高校的科研表 现，我们将中国高校的有关数据提供给在大学排名领域具有国际影响力的上海软科来开发‘中国最好大学排名’，希望排名结果对中国高校实施战略管理和制定科研 政策产生积极贡献。”“科研规模”指标排名中，最近5年被收录论文最多的五所大学依次为浙江大学(微博)、上海交通大学(微博)、清华(微博)大学、北京大学(微博)和四川大学；“科研质量”指标排名显示标准化论文影响力高于世界平均水准的中国大学有55所，排名第一的是中国科学技术大学(微博)；“高被引论文”指标排名中，清华大学、北京大学依然位居前两名，浙江大学、上海交通大学、复旦(微博)大学、中国科学技术大学、南京大学(微博)、华中科技大学(微博)、哈尔滨工业大学(微博)、中山大学(微博)分别位列3-10名；“高被引学者”指标排名中，清华大学以109人位居中国大学榜首，北京大学、浙江大学、上海交通大学和复旦大学均拥有50位以上的高被引学者，分列第2至5名。
排名包括了对高校服务经济发展的能力和效果的评价。“企业科研经费”指标排名中，排名最高的是哈尔滨工业大学，年度企业科研经费达14亿元，天津大学(微博)以13.6亿元紧随其后，清华大学、北京航空航天大学、四川大学都纷纷跨入了10亿的大门。“校企合作论文”指标排名显示，中国石油大学（北京）以1459篇名列中国大学第一，清华大学以1187篇紧紧跟随，上海交通大学、中国地质大学（武汉）、浙江大学分别位列第3到第5名。“技术转让收入”指标排名显示，技术转让收入最多的是清华大学，为5.9亿元，第2名合肥工业大学为2.5亿元，东南大学(微博)、上海交通大学分别排在第3、第4名，福州大学今年首次进入该榜，就以0.83亿排第5名。
上海交通大学高等教育研究院院长刘念才教授认为，“中国最好大学排名和大多数排名相比的一个显著优势是公布了排名的原始数据，使得排名完全透明，体现了排名团队对排名结果负责、主动接受外界检验的严谨态度，也提高了排名结果的参考价值，值得称赞。
