上海软科于2016年10月18日正式发布了2016年中国两岸四地大学排名，这是该排名自2011年问世以来第六次发布，排名展示了我国大陆、台湾地区、香港特别行政区和澳门特别行政区领先的100所研究型大学。
清华大学(分数线,专业设置)（北京）蝉联两岸四地第一名，北京大学(分数线,专业设置)跃升至第二名，排名第三的是台湾的清华大学（新竹），中国科学技术大学位列第四，香港大学和香港中文大学并列第五名。澳门排名最高的澳门科技大学名列两岸四地第32名。
数据来源：最好大学网软科中国两岸四地大学排名的对象是两岸四地高校中以建设世界一流大学和国际知名的高水平研究型大学为目标，并且面向两岸四地招生的大学。2016年排名的对象有140所，其中内地92所、台湾38所、香港8所、澳门2所。
与去年相比，北京师范大学(分数线,专业设置)、东南大学、兰州大学、湖南大学、北京邮电大学(分数线,专业设置)、苏州大学、上海财经大学、西安电子科技大学和中国地质大学（武汉）今年均有超过10个位次的排名提升，展示了内地高校强劲的发展势头。内地还有三所大学新入榜单：江南大学首次入围软科中国两岸四地大学排名百强榜即位列第78名，首秀出彩；武汉理工大学、北京林业大学(分数线,专业设置)重登百强，分别位列第91名和第93名。台湾的逢甲大学重回百强榜，位列第94名。澳门地区上榜的两所高校排名均有明显提升，澳门科技大学和澳门大学分别排在第32名和第45名，位列50强。
