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陈寅恪先生在清华大学任教多年，曾在中文、历史两系指导本科生、研究生论文。在今天，我们还可以看到若干种三四十年代的毕业论文，上面有陈先生的评语和批注，也还可以看到一些陈先生指导过的论文。通过这些论文，不仅可以看到陈先生学问的广博与态度的严谨，更可从中体会在陈寅恪先生心目中的学术的意味。
近来，学界谈论学术，多标举陈先生《清华大学王观堂先生纪念碑铭》中“独立之精神，自由之思想”，也多提及《吾国学术之现状及清华之职责》中“求本国学术之独立”，但是，是否同时也应当注意，学术之独立，需要有一套自足的研究规范与方法？学术唯有成为一个严肃的行为，形成一套严格的方法，具有一个独立的评价系统，学术才具有更独立的意味，它才能摆脱行政、传媒和其他各种学术之外因素的影响。这些年来政治意识形态似乎并不直接干预学术研究的取向和思路，但是市场以及市场化的传媒却总是越俎代庖，诱使学术趋向于哗众取宠，与一些不负责任的传媒一道制造新闻，近年来学术界的堕落和混乱，与此不无关系，仅我所看到的，如某人关于殷商人即印第安人祖先的大胆论述，殷商文明与奥尔梅克文明的传奇性故事，媒体宣传得极其热闹的骊城和古罗马军团的报道，关于“伊甸园在云南”的报道，关于《孙子兵法》82篇的新发现等等，以及各种稀奇的学术发现，例如河图洛书为外星人地图、某自学成才者破译石鼓文、用数学方法释读古文字、周易是一本日记等等。当学术界本身无法对成果加以正确估价，总是需要依赖上级、传媒、权威或洋人来肯定的时候，学术如何可能有“独立之精神，自由之思想”？而以学术研究为职业的人又如何可能拥有独立自由的精神与人格？
下面是有关陈寅恪先生的两个例子。
在民国二十五年清华大学历史系张以诚的论文《唐代宰相制度》前面，陈先生评语是：
大体妥当，但材料尚可补充，文字亦须修饰。凡经参考之近人论著(如内藤乾吉等)，尤须标举其与本论文异同之点，盖不如此则匪特不足以避除因袭之嫌，且亦无以表示本论文创获之所在也。
寅恪廿五年六月十六日
而在同年清华大学国文系刘钟明的论文《有关云南之唐诗文》前面，陈先生的评语是：
本论文范围甚狭，故所搜集之材料可称完备，且考证亦甚审慎。近年清华国文系毕业论文中如此精密者，尚不多见。所可惜者，云南于唐代不在文化区域之内，是以遗存之材料殊有制限，因之本论文亦不能得一最完备及有系统之结论。又本论文题“有关”二字略嫌不妥，若能改易尤佳。
寅恪廿五年六月十六日
对比两篇评语，可以看出，陈先生虽然不经常在论文中正面讨论学术研究的规范与方法，但在他对学生的毕业论文的种种要求中，却可以看到他关于学术研究的思路，我体会，其中包括以下三点。
第一，对研究所涉及的文献资料之搜集与解读。其中，首先指的是基本文献，张以诚的论文讨论的是一个制度史的问题，但是对于历史文献却并没有特别充分地掌握，所以在文章中陈先生曾经几次对他的依据提出质疑，有几条批语都是针对他在文献上的疏漏，而对于刘钟明的论文，由于它前有唐诗文篇目，各节有注释，文末有引用书目，陈先生则相当称赞他“搜集之材料可称完备”。其次指的是前人的研究论著，是否标举前人论著，这不仅关系到学术研究的道德原则，而且关系到一个研究史的问题，只有一一标举前人研究，才可以看出这一课题研究的前后过程，才可能判断这一研究的价值，刘钟明的研究中，一一列举了铃木虎雄、沙畹、伯希和以及《云南旅平学会季刊》中所载的《滇南旧事》，故亦得到陈先生的高度评价。
第二是对研究主题的特殊性与普遍性的关系。对于刘钟明论文的评语中有一句话相当有深意，即“所可惜者，云南于唐代不在文化区域之内，是以遗存之材料殊有制限，因之本论文亦不能得一最完备及有系统之结论。”显然这并不仅是说材料不足，而是对这个课题意义的惋惜，很多人都误以为陈先生只讲考据，注重资料，其实陈先生的考据，其课题的选择常常是有深意的，所谓“完备”和“系统”是指对一个历史现象的充分解释，而历史解释常常是需要在一个总体的思想框架中才能得出的，云南历史不在中国当时主流文化区域中，所以这一精细的研究就没有涵盖中国文化和历史现象的普遍意义，因此课题的意义也就稍有欠缺。
第三是论文文体与思想表达。在清华大学现存的毕业论文中，除了上述两篇外，还有一篇文学研究所硕士研究生王忠在陈先生指导下完成的论文《安史之乱前后文学演变问题》，很多人读后都会有一种感觉，不仅对文学史研究中关注民族(羯胡与内地交通)、风气(任侠尚武)、政治(氏族意识与社会意识)与地域(藩镇与仕进)等历史因素很像陈先生研究思路，即其文献徵引、写作文体和推论形式都与陈先生的论著很像。也许有人会认为，论文写作不必拘泥形式，但是从陈先生略为固执的形式要求中(如繁体竖排、如标点、如引文)，我感觉这里也有一定的意思，比如历史研究是否应当首先是事实的归纳和清理？事实清理之后，是否需要过多的理论叙述？理论叙述是否可以像太史公一样“寓褒贬于叙事”？用现代汉语进行的理论叙述是否会遮蔽古代的历史？也许陈先生的形式不一定可以普遍适用于现代论文，但这里是否也有一种文化象征的意义？
1996年1月，据说为了某个相当有影响的青年科学家的剽窃和作伪，有37个院士联合写了《正确评价基础研究成果》的文章，强调论文作者应有的荣誉和责任，也强调“避免行政干预”，更提出了一些评价学术成果的非正常因素的普遍存在，这篇文章发表在《光明日报》上，可是似乎并没有太多的反应，这令人很悲哀。更令人悲哀的是人文学科，由于它的评价标准的不确定性，更容易成为假冒伪劣的领域，也容易被一些“伪科学”式的评价机制所入侵，以致于形成南郭先生式的滥竽充数。可是，如果要制止这种情况的泛滥，就要从教育开始。作为教师，在指导学生的时候，他的审查标准、他的价值评价以及他自己的研究趣向，实际上已经向学生传递了关于学术的看法，现在进入学术界的一批又一批新学人，是否能够薪火相传，很大程度上取决于先生，陈先生对于弟子有时似乎过于苛刻的要求，我们时有耳闻，但是这种严厉的要求，不也是在捍卫一种学术的边界么？(葛兆光)
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