我国博士研究生，至少是理工类博士生的科研能力训练普遍不足。这里面有研究生培养理念与机制的问题。

　　改革开放以来，我国各行各业、各个领域都先后不同程度引进了新的机制。但是博士研究生教育变化不大，与科学研究不完全相关，仍然是自上而下下达博士招生指标，高校将指标分配给指导教师。在某种角度上可以说，博士招生指标是国家给博士指导教师无偿使用的资源。传统观念认为，既然取得了博士生指导教师资格，就理所当然获得博士招生指标和教学资源，至于博士生培养费用谁出与指导教师无关。这实际上是将博士研究生与本科生等同，而忽略了博士生是“准科研人员”的特殊角色。博士生指导教师应该是一种基本资格，是必要条件而不是充分条件，能否招生还取决于指导教师能否争取到科研课题，包括经费是否充足。国内不少博士生指导教师根本没有高水平研究课题和必要科研经费，甚至干脆没有课题和经费也可以招生。这样就造成博士生培养与实际的科学研究脱节，很难做到博士生科研能力的提高，至少在理工领域是这样。

　　指导教师无课题无经费还导致博士生无法得到科研补贴，只能依靠微薄的普通奖学金(即国家生活补贴)生活。目前我国不少高校对博士生的补贴仍执行1994年的标准，每月280元，还不如社会低保标准。一些已婚博士生有家有口，生活都难以维持，何谈安心学术？

　　从教育部直属高校研究生参与研究与发展课题统计情况来看：参与科学研究与发展课题(基础研究、应用研究、试验发展)的研究生只占在校研究生总数的20%左右，参与科技服务课题(研究与发展成果应用、其他科技服务)的研究生占总数的比例更低于10%。我国博士研究生科研能力训练的程度普遍不足。从博士生在读期间在自然(《Nature》)、科学(《Science》)等顶尖级学术杂志上发表论文的数量来看，我国博士生的科研创新能力与美国相比有较大差距。有统计数据(1999-2002年)显示，哈佛大学在读博士生四年内在自然(《Nature》)上发表的论文为203篇、科学(《Science》)上发表的论文为184篇，而我国最有名的大学在读博士生同期在这些杂志发表的论文屈指可数，聊胜于无。

　　与科学研究紧密结合是美国博士研究生教育的重要特征，其基本运作模式是：指导教师先通过竞争申请研究项目和经费，再根据项目的大小和经费的多少向学校提出招收博士生的数量，并向学校交付相应数额的培养费用。博士生的培养费用来自指导教师的科研项目，所以指导教师对博士生的要求也很苛刻，这样在“做真题”的研究过程中博士生科研创新能力得到很大提高。这种情况在国内常被指为“给老板打工”，多有诟病。如果博士生自筹培养经费不需要指导教师的项目支持，一般来说，指导教师对博士生也不会太“为难”，效果如何呢？未必就好！美国有专项调查显示，很多博士生获得连续四年的全额奖学金，不需要从导师的科研项目中获得经费资助，并不能产生良好的培养效果，这些博士生没能获得足够的训练，科研成果也不多。当然如果指导教师没能申请到项目和经费，无法支付培养费用，有水平也无法招收博士生。美国高校这种科研项目——经费支持——博士生培养“三连贯”的模式在自然科学领域体现得尤为明显。美国国家科学基金会对博士学位获得者的调查表明，理工科博士生完成学业，60%以上的资助来自指导教师的科研经费。目前我国高校条件逐步成熟，应转变观念，开始推进研究生培养机制改革，让博士生的培养与科学研究挂钩，调整导师与研究生的关系，使研究生的科研素质经过培养，真正得到提高。

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