中国科学院昆明动物所始建于1959年,后于1963年更名为中国科学院西南动物研究所1978年又恢复原所名。全所现有职工266人,其中科技人员218人,研究员20人,副研究员、高级工程师55人,中级科技人员85人。设有一个博士点和三个硕士专业学位授予点,1996年,有建立了博士后工作站。
昆明动物研究所现设有系统动物学研究室、遗传与进化研究室、灵长类生物学研究室、 动物毒素研究室、保护生物学中心、中国科学院典型培养物保藏委员会昆明细胞库等6个研究机构。此外还有中科院细胞与分子进化开放研究实验室1个,还设有与美国威斯康星大学联合建立的自费开放实验室—灵长类生物学联合实验室,中国科学院与云南省共建的动物生殖生物学重点实验室和畜禽分子生物学重点实验室。标本馆珍藏了大量的动物标本、模式标本,是我国西南地区最大的动物标本馆,并与世界多个国家和地区建立了标本交换关系。昆明动物研究所是云南省动物学会、云南省昆虫学会、云南省细胞与生物学会、云南省免疫学会的挂靠单位,出版的学术刊物为《动物学研究》。
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