1966年6月，“文化大革命”开始。学院的各级领导多被揪斗，正常的教学秩序完全打乱，教学工作被迫停止。全院除食堂还在开饭以外，所有机构全部瘫痪。

　　1967年底，中央决定派解放军进驻各高校“支左”。解放军进入外交学院后，经过一段工作，“造反兵团”宣布解散。1968年8月22日，根据中央指示，“军宣队”和“工宣队”同时进驻外交学院。在“清理阶级队伍”的过程中，学院有近百人被关押批斗，他们的身心受到巨大摧残。

　　1969年，由于林彪、“四人帮”的干扰破坏，外交学院被以“执行修正主义路线”为由停办。9月17日，外交部造反派以部党委、进驻政治部军代表和大联委的联合名义向中央提出《关于停办外交学院的请示》。10月27日，周总理被迫同意，将此报告付陈伯达、康生、江青、黄永胜、姚文元核批。随即，驻学院的军宣队在全院大会上宣布学院停办，全体师生下放江西五·七干校劳动。1970年1月3日，下放办公室撤消，校舍、设备由解放军总政文工团接收，文书档案全部销毁，外交学院至此已不存在，在学院的发展史上留下了令人痛心的一页。