马友友的祖籍是中国的浙江省宁波鄞县(现鄞州)。他的父亲马孝骏为音乐教育学博士，同时也是作曲家兼指挥家，曾任南京中央大学教授；母亲卢雅文则是国立中央大学艺术系毕业的声乐女歌手。

　　马友友曾进入茱莉亚音乐学院(Juilliard School)，在大提琴家雷奥纳多·罗斯(Leonard Rose)门下学习。读了7年之后，虽然成绩名列前茅，但他却在尚未毕业之前便退学，并前往哈佛大学就读。

　　1976年马友友于美国哈佛大学毕业，并取得人类学学士学位，1991年，哈佛大学授予他荣誉博士学位。