长期以来，我国行政部门对高校管理得过多过细，导致高校行政化趋向严重，以“权力”而非“学术”为中心，影响了原有的单纯的教学气氛。

　　为克服高校行政化倾向，《教育规划纲要》 提出要“取消实际存在的行政级别和行政化管理模式”。

　　中国科技大学原校长、南方科技大学校长朱清时认为：落实高校办学自主权，就是按照教学规律办学，引导学校依法办学。高校必须以教授为主导，改变当前依靠行政权力治校的局面。

　　对此，《教育规划纲要》还提出要完善中国特色现代化大学制度，其中很突出的亮点是要“探索教授治学的有效途径，充分发挥教授在教学、学术研究和学校管理中的作用”。

　　《教育规划纲要》还针对当前高等教育领域备受关注的学术环境和学术质量提出改革思路——确立科学的考核评价和激励机制；建立高等学校质量年度报告发布制度。

　　《教育规划纲要》还提出：建立健全研究生教育收费制度，完善资助政策，设立研究生国家奖学金。